Ich verstehe jetzt nicht mehr, was du meinst.
Die normale Vorgehensweise ist so:
1. PKGbackup öffnen und auswählen, was gebackuped werden soll.
2. Backup durchführen, ich mache das der Bequemlichkeit wegen immer in meinen Dropbox Account
3. iPhone in iTunes updaten / wiederherstellen, neues in Betrieb nehmen oder was man auch immer machen will
4. Jailbreaken
5. Cydia aktualisieren lassen, PKGBackup laden
6. PKGBackup starten, das eigene Backup auswählen und es restoren lassen
Daraufhin fügt PKGbackup die erforderlichen Quellen in Cydia hinzu und lädt die benötigten Cydia Pakete runter usw. Danach ist alles wieder wie vor dem Backup.